Servei de proteòmica i genòmica

Proteòmica

  • Separació de proteïnes mitjançant electroforesi monodimensional (SDS-PAGE)
  • Separació de mostres complexes de proteïnes en funció del seu pI (Isoelectroenfoc, IEF)
  • Separació de mostres complexes de proteïnes mitjançant electroforesi bidimensional (2D-PAGE)
  • Immunodetecció de proteïnes de gels mono i bidimensionals (Western blot)
  • Determinació de masses moleculars de proteïnes i pèptids mitjançant espectrometria de masses MALDI-TOF
  • Identificació de proteïnes per empremta peptídica (PMF)

Genòmica

  • Síntesi d'oligonucleòtids
  • Anàlisi quantitatiu i qualitatiu (integritat) d’àcids nucleics
  • Amplificació automàtica d’ADN (PCR)
  • Seqüenciació d’ADN per electroforesi capil·lar automàtica (Seqüenciació Sanger)
  • Seqüenciació massiva: segona i tercera generació (short-read/long-read)
  • Anàlisi de fragments d’ADN per electroforesi capil·lar automàtica
  • Quantificació absoluta i relativa de mRNA per PCR en temps real
  • Discriminació al·lelica per PCR en temps real
  • Variació gènica per PCR en temps real
  • Anàlisi High Resolution Melting (HRM)
  • Anàlisi de metil·lacións del DNA
  • Anàlisi d'ADN (oligonucleotids, genotipat d'SNPs) per espectrometria de masses MALDI-TOF
  • PCR digital (quantificació absoluta/relativa d'àcids nucleics, variació gènica, mutacions, etc.)
  • Lectura de microarrays d'ADN, proteïnes, teixits
  • Proba de parentiu, paternitat i perfil genètic
  • Nutrigenòmica
  • Sexat d'ocells

Lipidòmica

Els objectius d'aquesta plataforma són els següents:

1. Detectar, identificar i quantificar la totalitat de les especies lipídiques d'un sistema (cèl·lules, teixits, òrgans, aliments, etc...)

2. Definir perfils lipídics en condicions fisiològiques i patològiques

3. Identificar nous biomarcadors lipídics


Podeu accedir a tota la informació a l'Adreça web del Servei.

Proteòmica

  • Equipament per la realització manual de la digestió en gel dels spots/bandes de proteïnes
  • Espectròmetre de masses tipus MALDI-TOF/TOF AutoFlex Speed amb Compass Software: flexControl v 3.3, flexAnalysis v 3.3 i Biotools v 3.2
  • Col·lector de fraccions cromatogràfiques en placa de MALDI Proteineer fcII amb software Hystar v 3.2
  • Cromatògraf nano-HPLC Easy nLC II amb software Hystar v 3.2
  • Software d'anàlisi de gels/membranes monodimensionals Quantity One v 4.6.7
  • Software d'anàlisi de gels bidimensionals PDQuest v 8.0.1
  • Softwares d’anàlisi i gestió proteòmica WARP-LC v 1.2 i ProteinScape v 2.1
  • Motor de cerca de software per identificació de proteïnes mitjançant espectrometria de masses MASCOT server v 2.4

 

També es disposa d'instrumentació bàsica per a la preparació de mostres prèvia al seu anàlisi amb aquests equips.

Genòmica

  • Analitzador genètic GA3130 amb softwares d’anàlisi Data Collection v 3.0, Sequencing Analysis v 5.3.1, SeqScape v 2.6 i GeneMapper v 4.0
  • Escàner de microarrays Axon Gene Pix 4100A amb softwares d’anàlisi GenPix Pro v 5.1. i Acuity v 3.0
  • Seqüenciador de tercera generació MinIon d'Oxford Nanopore Technologies

 

També es disposa d'instrumentació bàsica per a la preparació de mostres prèvia al seu anàlisi amb aquests equips.

Proteòmica

Aplicacions principals en l’àrea de la Proteòmica

  • Quantificació de proteïnes per Western blot
  •  Proteòmica diferencial o d’expressió basada en gels bidimensionals

Separació de proteomes mitjançant l’ús de gels bidimensionals. Quantificació dels gels mitjançant equips d’adquisició d’imatges adients. Posteriorment, els gels de cada mostra són analitzats conjuntament amb el software PDQuest permetent així una quantificació acurada de les diferències en l’abundància de les proteïnes (spots) presents.

Una altra aplicació d’aquesta metodologia seria realitzar marcatge de grups d’interès en les proteïnes, p.ex. grups carbonils per detectar l’estat d’oxidació de les proteïnes, mitjançant derivatització de l’extracte proteic amb hidrazides fluorescents adients. Posterior a l’adquisició d’imatge de l’oxiproteoma, es fa un tintat de la proteïna total amb Flamingo per normalitzar. Posteriorment, els gels de cada mostra són analitzats conjuntament amb el software PDQuest permetent així una quantificació acurada de les diferències en el grau d’oxidació de les proteïnes presents en cada mostra.

  • Determinació de la massa molecular de proteïnes/pèptids per espectrometria de masses MALDI-TOF

També permet la caracterització de perfils peptídics i proteics per aplicacions com ara:
-  Estudi d’hidrolitzats de proteïnes
-  Caracterització de microorganismes pel seu perfil proteic

Genòmica

Aplicacions principals en l’àrea de la Genòmica

  • Anàlisi de la integritat (qualitat) de l’ARN per aplicacions de PCR en temps real, PCR digital o microarrays
  • Seqüenciació automàtica d’ADN:  recerca de mutacions, verificació de clonatges, reseqüenciació, ...
  • Seqüenciació massiva d'àcids nucleics (NGS)
  • Estudis de genotipatge basats en diferents marcadors moleculars (SNPs, AFLP, RFLP, LOH, microsatèl·lits) mitjançant diferents metodologies d’anàlisi: electroforesi capilar automàtica, PCR en temps real (genotipat d´SNPs per discriminació al·lèlica), PCR digital
  • Anàlisi de variació gènica per MLPA o PCR en temps real/digital
  • Estudis d’expressió gènica mitjançant tècniques de PCR en temps real, PCR digital o microarrays
  • Validació de resultats de microarrays i proteòmica diferencial per PCR en temps real
  • Anàlisi de metil·lacions del DNA
  • Cribatge d´SNPs utilitzant la metodologia HRM
  • Genotipat d´SNPs per espectrometria de masses MALDI-TOF
  • Estudis d’expressió proteica utilitzant microarrays d’anticossos
  • Detecció i quantificació de microorganismes i d'OGMs
  • Determinació de la càrrega viral
  • Anàlisi de microRNAs

Director del Servei

Dr. Joaquim Ros

Correu electrònic:

joaquim.ros@udl.cat

Responsable científic genòmica

Dr. Eloi Garí

Correu electrònic:

eloi.gari@udl.cat

Tècnic de suport

Isabel Sánchez

Correu electrònic:

isabel.sanchez@udl.cat

Telèfon: +34 973 70 24 77

Adreça

Campus Ciències de la Salut 
Edifici Biomedicina, mòdul 2, 4a planta, 4-7. 
C/ Rovira Roure, 80, CP 25198, Lleida 

Horari
De dilluns a divendres, de 8:30 a 16:00 hores.
Telèfon
+34 973 70 24 77

Horari lliurament de mostres: de dilluns a divendres, de 9:00 a 15:00.

   Darrera modificació: